Em Alien Attack USA, os jogadores representam forças militares que precisam defender os Estados Unidos da América de uma invasão alien hostil e agressiva.
Com os seus ataques em ondas, será difícil saber qual a próxima região que eles irão invadir. O problema é que existem muitos deles, sendo impossível proteger todos os lugares.
Porém, nem tudo está perdido… a inteligência militar mundial conseguiu desenvolver estratégias para sobreviver e minimizar as perdas da humanidade.
Os jogadores precisarão defender as regiões atacadas utilizando suas unidades de defesa, buscando proteger cidades, parques nacionais, criações de gado, além de destruir as bases alienígenas que se instalam nos lugares que não foram defendidos em Alien Attack USA.